국내 연구진, 유전자 가위의 한계 극복 실마리 찾았다

광주과학기술원 연구팀, 주요 유전자 가위의 이중나선 DNA 절단 핵심과정 새롭게 규명

유전자 가위 CRISPRCas12a가 표적 DNA를 자르는 핵심 과정과 기대효과. 그림제공=광주과학기술원

[아시아경제 김봉수 기자] 국내 연구진이 기존 유전자 가위의 한계를 극복해 낼 핵심 기술을 개발했다. 단일분자 형광 이미징 기술을 이용해 차세대 유전자 교정 및 초고감도 유전자 검출 기술에 획기적으로 활용할 수 있는 새로운 유전자 가위 개발의 실마리를 찾아낸 것이다.

광주과학기술원(GIST·지스트)은 이상화 고등광기술연구소(APRI) 책임연구원 연구팀이 Cas12a 크리스퍼 유전자 가위가 단일 촉매 활성 부위만으로 이중 가닥의 DNA를 완전하게 절단하는 분자 기전을 규명했다고 6일 밝혔다.

Cas12a 유전자 가위는 상대적으로 낮은 표적이탈효과(off-target effect), 무차별 단일 가닥 DNA 절단 활성 등과 같은 차별된 특성으로 인해 대표적 유전자 가위인 Cas9을 대신할 수 있는 매력적인 유전자 가위로 각광 받고 있다. 특히 무차별 단일 가닥 DNA 절단 활성이 가능해 최근 극미량의 특정 염기서열의 핵산을 검출하는 기술에도 활용돼 미국 식품의약청(FDA)에 승인된 코로나바이러스감염증(COVID-19) 진단 키트 개발에 결정적인 역할을 했다.

하지만 이러한 장점에도 불구하고 Cas12a 유전자 가위는 Cas9과 달리 DNA 절단 활성을 정교하게 제어하는 기술이 부족해 최첨단 유전자 교정 기술인 염기교정 및 프라임교정에는 제대로 활용되지 못하고 있다.

연구팀은 3년 전 네이처 커뮤니케이션즈(Nature Communications)에 발표한 이전 연구에서 2개의 촉매 활성 부위로 이중가닥의 DNA를 독립적으로 각각 절단하는 Cas9 유전자 가위와 달리 Cas12a 유전자 가위는 단일 촉매 활성 부위를 통해 표적 DNA의 이중가닥을 순차적으로 절단한다는 사실을 밝혀낸 바 있다. 이로 인해 2개의 촉매 활성 부위 각각의 변이를 통해 DNA 절단 활성을 상대적으로 쉽게 제어할 수 있는 Cas9과 달리, 단일 촉매 활성 부위가 표적 DNA의 이중가닥을 순차적으로 절단하는 Cas12a 유전자 가위의 경우 같은 방식으로 DNA 절단 활성을 정교하게 제어하기 어렵다. 따라서 Cas12a 유전자 가위의 범용성을 높이기 위한 DNA 절단 활성을 정교하게 제어하는 기술을 확보하려면 Cas12a 유전자 가위의 단일 촉매 활성 부위에 의한 완전한 이중가닥 DNA 절단 반응의 핵심 과정과 조절 기전을 밝혀야 했다.

연구팀은 Cas12a 유전자 가위가 단일 촉매 활성 부위로 첫 번째 DNA 가닥을 절단한 후 이중나선 DNA를 완전하게 절단하는 과정에서 일어나는 Cas12a 유전자 가위-DNA 복합체의 구조 변화를 실시간으로 관찰하기 위해서 단일분자 형광 이미징 기술(단일분자 형광 프렛)을 이용했다. 이를 통해 단일 촉매 활성 부위로 이중나선 DNA 절단을 완성하기 위해서 Cas12a 유전자 가위-DNA 복합체가 두 번의 연속적인 구조 재배열을 한다는 것을 최초로 관찰했다. 특히 그 중 표적 DNA 절단에 필수적인 단계가 절단 부위의 국소 풀림이며 이 때 마그네슘 이온이 이 구조를 안정화시키는 결정적 역할을 하는 것을 밝혔다. 마그네슘 이온이 촉매 부위의 절단 활성에 기여한다는 기존 이해를 확장해 크리스퍼 작동에 필수적인 구조 변화에도 영향을 미친다는 점을 처음으로 제시한 것이다.

연구팀은 이번 연구 결과를 바탕으로 정교하게 DNA 절단 활성이 조절된 다양한 유전자 가위 발굴을 추진할 계획이다. 국제학술지 미국 국립과학원회보(PNAS)에 지난 1일 온라인 게재됐다.

김봉수 기자 bskim@asiae.co.kr