[세법전쟁 ②]신성장동력 R&D 세액공제 '허점 투성'

투자금액 클수록 혜택
중소기업 찬밥 신세

조세지원 규모도 작아 효과 미지수
일부 대기업 집중·이중지원 우려도

[아시아경제 오현길 기자] 내년부터 로봇과 미래형 자동차, 지능정보, 바이오·헬스 등 신성장 11개 분야에 해당하는 세부기술 연구개발(R&D) 비용에서 세액공제를 받을 수 있게 된다. 중소기업은 비용의 30%를 공제받을 수 있으며, 중견·대기업도 매출액과 비중을 계산해 최대 30% 공제가 적용된다.

정부는 미래성장동력 확충을 위해서 신성장동력 R&D 세액공제를 상향했다. 세제혜택을 확대해서 관련 분야의 투자를 촉진한다는 방침이다.

이를 위해 신성장산업 R&D 세액공제를 11대 신산업 기술 중심으로 개편하고 세액공제율도 인상했다. 또 신성장산업 기술을 사업화하기 위한 시설투자 시 투자금액의 10%(중견기업 8%·대기업 7%)를 세액공제하는 방안을 신설한다.

신성장동력 R&D 세액공제(자료:기획재정부)

영화나 드라마 등 문화콘텐츠 제작비용 세액공제도 도입했다. 하지만 이 같은 신성장 R&D 조세지원 규모가 크지 않아 보조적인 수단에 그칠 것이라는 지적이 제기되고 있다.

국회예산정책처에 따르면 2009년 신성장 R&D 공제 실적은 810억원에서 2013년 1284억원으로 연평균 12.2% 증가, 일반 R&D(13.4%)보다 낮은 수준을 보이고 있다. 기업의 투자에 대한 세액공제다 보니 기업이 투자를 하지 않으면 지원을 할 수 없는 구조 때문이다.

더욱이 R&D 조세지원은 상당부분 대기업 위주다. 2014년 기준 기업 R&D에 대한 정부지원 규모는 재정지출 3조7000억원, 조세지출 3조1000억원 등 총 6조7000억원 규모에 달한다.

이러한 재정지출의 66.1%는 중소기업에 돌아갔지만, 조세지출 68.7%는 대기업이 차지했다. 재정을 통한 출연금 지원 등은 정부가 대상을 결정할 수 있지만, 기업 투자액에 대한 세액공제는 투자 규모가 클수록 많이 받을 수 있어서다.

때문에 이미 R&D 세액공제를 충분히 누리고 있는 대기업에 이중 지원을 할 수 있다는 비판이다. 10대 기업 R&D 세액공제 금액 점유율은 2009년 63.8%에서 2010년 70.6%, 2011년 72.4%, 2012년 77.4%, 2013년 85.8%로 해마다 증가 추세를 보이고 있다.

또 이번 신성장동력 조세지원 규모가 크지 않아 기대만큼 성장동력 육성의 효과를 달성할 수 있을지도 의문이다. 김종민 더불어민주당 의원에 따르면 정부는 신성장산업 세제지원 세수효과를 향후 2년간 매년 217억원으로 추정하고 있다.

영화산업 투자수익률 추이(자료:국회예산정책처)

또 영상콘텐츠 제작비용 세액공제 신설로 인해 연간 세수도 약 233억원으로 예상된다. 한 해에 3조원이 넘는 R&D 세액공제가 이뤄지는 것에 비하면 미미한 규모다.

영상콘텐츠 투자에 대한 세액공제도 일부 기업에 집중될 수 있다는 단점이 제기되고 있다. 2006~2015년 영화산업 투자는 평균 12.6% 손해를 기록했다. 도둑들, 설국열차 등 1000만 관객을 동원한 영화가 다수 제작된 2012, 2013년을 제외하고 마이너스 상태다.