기재부, 단위농협 등 조합법인 과세특례 손본다

내년 일몰 시한 맞춰 법인세 특례혜택 점검
2017년 국회 반대로 무산

[아시아경제 최일권 기자] 기획재정부가 농협 등 조합법인에 대한 법인세 과세특례제도를 정비한다. 단위농협 등 조합법인은 재무제표상 당기순이익에 세율을 매겨 법인세를 납부(과세표준 20억원 이하 9%ㆍ 20억원 초과 12%)하는데, 일반기업 보다 낮은 세금(과표구간 2억 초과 200억 이하 20%)을 부담해 형평성 문제가 제기돼왔다. 기재부는 내년 일몰시한이 도래하는 만큼 개정작업에 착수한다는 방침이다.

9일 기재부에 따르면 정부는 최근 국회에 제출한 '중장기 조세정책 운용계획'에서 '조합법인에 대한 법인세 과세특례제도 정비'를 중장기 추진과제에 포함했다. 지난해에는 중장기 정책방향에 담겼지만 일몰 시한에 맞춰 본격적으로 살펴보기로 한 것이다. 현재 전국에는 농협, 수협 등 약 4500곳의 조합법인이 활동중이다. 정부가 조합법인의 법인세 과세특례제도를 손보겠다고 나선 것은 일반기업과 비교할 때 과세형평성이 맞지 않다는 판단 때문이다. 기재부 관계자는 "아직 구체적인 방향이 결정된 것은 아니지만 다른 일반 법인과 형평성 맞춰서 혜택을 줄이는 내용이 골자가 될 것"이라고 말했다.

조합법인은 낮은 세율은 물론이고 세무조정 측면에서도 혜택을 받고 있다. 법인은 기업회계상 당기순이익을 기초로 세법에 따라 세무회계상 과세소득을 계산하는 세무조정작업을 거친다. 하지만 조합법인은 기부금, 접대비, 과다경비, 업무무관경비, 지급이자, 대손금, 대손충당금, 퇴직급여충당금 등 8개 항목에 대해서만 조정을 받는다. 전병목 조세재정연구원 조세정책연구실장은 "조합법인은 세무조정에 따른 행정비용과 세율도 줄이면서 다른 사기업들과 경쟁을 벌이는 것"이라고 말했다.

기재부는 지난 2017년에도 조합법인 과세특례제도를 정비하겠다고 나선 바 있다. 매출 100억원 이상인 조합법인 1300여 곳에 대해 세무조정을 일반기업과 똑같이 적용하는 내용이 골자다. 하지만 국회 논의 과정에서 의원들의 반대로 무산됐다.

기재부는 일반기업과의 형평성을 맞춘다는 원칙만 갖고 있을 뿐, 구체적인 추진방향을 고심하고 있다. 내년 법인세수가 감소할 것으로 예상되는 만큼 반드시 성과를 내야 하는 입장이지만 국회 뿐 아니라 조합법인의 강력한 반발이 예상되기 때문이다. 기재부 관계자는 "조합법인 과세특례는 규모가 작은 일반 중소기업들도 누리지 못하는 혜택인 만큼 반드시 바꿀 필요가 있다"고 말했다.