소득세 최고세율 인상 등 12개 세법개정안 통과

대기업 비과세·감면 축소 조정
창업·중소기업 상생협력 지원 확대

노후경유차 교체시 개별소비세 감면
난임시술비 세액공제율 인상
기업소득 환류세제 가중치 조정

[아시아경제 오현길 기자] 내년부터 대기업 연구개발(R&D) 비용 세액공제가 축소된다. 청년 창업 중소기업에 대한 세제지원과 중소기업 특별세액감면 지원 대상은 확대된다.

소득세 최고세율이 과세표준 5억원 초과 구간은 기존 38%에서 40%로 인상된다.

2일 기획재정부는 세입예산부수법률안에 해당하는 12개 세법개정안이 국회 본회의를 통과했다고 밝혔다.

해당 개정안은 국세기본법, 국세징수법, 조세특례제한법, 소득세법, 법인세법, 상속세 및 증여세법, 부가가치세법, 개별소비세법, 국제조세조정에 관한 법률, 농어촌특별세법, 교육세법, 관세법 등으로 대부분 내년부터 시행될 예정이다.

우선 대기업에 대한 비과세나 감면은 축소 조정하는 대신, 중소기업이나 상생협력에 대한 지원이 늘어난다.

조세특례제한법 개정안에 따르면 대기업 R&D 비용 세액공제율이 기존 당기분 2~3%에서 1~3%로, 증가분은 40%에서 30%로 줄어든다.

또 대기업의 신성장기술 사업화시설 투자세액공제 공제율은 기존 7%에서 5%로 낮춘다. 영상콘텐츠 제작비 세액공제도 대기업은 기존 7%에서 3%로 줄어든다.

의약품 품질관리 개선시설 투자세액공제율도 대기업은 3%→1%, 중견기업은 5%→3%, 중소기업은 7%→6%로 조정된다.

반면 중소기업 특별세액감면 지원대상은 제조업 등 49개 업종에 의원·치과·한의원 등이 포함되며, 감면율도 장수 성실중소기업에 대해 감면율 10% 인상된다.

청년 창업중소기업에 대한 소득세·법인세 감면율을 '5년간 50%'에서 '3년간 75% 이후 2년간 50%'으로 조정한다. 중소기업 취업자 소득세 감면대상에 경력단절 여성이 추가된다.

대·중소기업 상생협력을 위한 기금출연 세액공제 적용대상에 농어촌 상생협력기금을 추가하고, 공제율을 출연금의 7%에서 10%로 인상한다.

에너지절약시설과 환경보전시설에 대한 투자세액공제 적용기간은 2019년말에서 2018년말로 앞당겨진다.

또 노후경유차 교체시 개별소비세 감면 혜택이 주어진다. 2006년 12월31일 이전 등록된 노후경유차 소유자가 말소등록하고 2개월 이내 신차를 구입해 등록하면 개별소비세 70%를 감면한다. 다만 노후차 교체 혜택은 오는 5일부터 내년 6월30일까지 한시적으로 시행된다.

근로·자녀장려금 신청자격 가운데 주택요건이 폐지되며, 근로장려금 최저 산정액이 1만5000원 이상 3만원 미만인 경우 3만원을 지급한다. 근로·자녀장려금 감액 후 금액이 3만원 미만이어도 3만원을 지급한다.

신용카드 등 소득공제 공제율은 종전 신용카드 15%, 체크·현금영수증 30%를 유지하되, 총급여 7000만~1억2000만원 구간 공제한도 250만원 적용을 2019년에서 2018년으로 앞당긴다.

소득세법 개정안에서는 소득세 최고세율이 인상됐다. 기존 5구간에서 과세표준 5억원 초과 구간이 신설되며, 세율은 38%에서 40%로 2%포인트 오른다.

또 의료비 세액공제(15%) 가운데 난임시술비에 대해서는 공제율 20%를 적용하며, 연금계좌세액공제 공제한도가 400만원이지만, 총급여 1억2000만원 또는 종합소득금액 1억원 초과자는 300만원이 적용된다.

법인세법과 관련해서는 가족회사 등 특정법인에 대한 접대비 등 손금인정을 제한하고, 특정법인에 대한 업무용 승용차 관련 비용 손금산입 한도도 축소한다.

기업소득 환류세제는 투자·임금·배당 가중치를 1:1:1에서 1:1.5:0.5로 조정한다.

분식회계로 인한 경정시 제재도 강화된다. 기존에는 경정에 따른 세액공제를 향후 5년간 법인세액에서 과다 납부한 세액을 차례로 공제했지만 앞으로는 매년 과다 납부한 세액의 20%를 한도로 세액공제한다. 또 환급금이나 환급가산금 지급도 폐지된다.

내년 1월1일부터 상속·증여세 신고세액공제는 산출세액의 10%에서 7%로 축소된다. 가업상속·영농상속공제 사후관리 위반시에는 이자상당액이 부과된다.